Selaras dengan kemajuan negeri dan kewujudan wilayah pembangunan Iskandar Malaysia, Kerajaan negeri berhasrat untuk membina sistem transit aliran ringan LRT bagi menghubungkan bandar-bandar utama sekitar Johor Bahru, serta sistem maglev - monorel bagi menghubungkan pusat-pusat tumpuan utama di daerah Johor Bahru. Selain itu Kerajaan Singapura bercadang menyambung sistem Mass Rapit Transit MRT republik itu ke bandaraya Johor Bahru. Di kawasan Iskandar Puteri ada perancangan untuk membina Sistem Keretapi Tram bagi menghubungkan tempat-tempat utama seperti Medini, Educity, Cybercity, Puteri Habour, Kota Iskandar, Legoland, Pelabuhan Tanjung Pelepas, Ramsar dan tempat-tempat menarik lain atas inisiatif swasta dan pihak Iskandar Malaysia. Sistem Komuter seperti di Lembah Klang juga bakal dibina di sini bagi mengurangkan kesesakan pada masa akan datang menghubungkan bandar-bandar besar di sekitar Johor Selatan contohnya, antara Kota Tinggi dengan Johor Bahru, Pontian dengan Johor Bahru, Kulai dengan Johor Bahru, Skudai dengan Johor Bahru, Kempas/Pandan dengan Johor Bahru dan Pasir Gudang dengan Johor Bahru. Semua sistem ini masih dalam perancangan dan perbincangan dengan pihak-pihak berkaitan.